Fine mapping of a major QTL controlling early flowering in tomato using QTL-seq
Notice bibliographique
Résumé
Early flowering is one of the major earliness traits in tomato and is also an important agronomical trait in crop plants; thus, this trait is important for plant breeding and crop improvement. With the innovation of rapid and cost-effective technologies, quantitative trait locus (QTL)-seq has become the preferred method of performing QTL identification. In the present study, we identified a candidate QTL of an early flowering trait in tomato (Solanum lycopersicum) using QTL-seq. Two DNA pools of the extreme phenotype of the F2 progeny from crosses between the ‘Bone MM’ cultivar (early flowering, P1) and ‘071-440’ cultivar (late flowering, P2) were bulked for sequencing and an alignment analysis. We observed 220 single nucleotide polymorphism markers, seven candidate QTLs, and genes that may be associated with early flowering located between 1.6 and 71.8 Mb on chromosome 1. Using traditional QTL analysis, the location of one QTL was confirmed in the physical region between 23.5 and 25.3 Mb, which corresponded to the region identified using QTL-seq, and was referred to as EF1 (Solyc01g017060). A real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction analysis showed that EF1 was the most highly expressed among the candidate genes and significantly expressed in early flowering parents and furthermore, we found that EF1, which had a similar sequence to the Ycf2 gene, may relate to the early flowering phenotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».