Genome-wide analysis of the SPL/miR156 module and its interaction with the AP2/miR172 unit in barley
Notice bibliographique
Résumé
The SQUAMOSA-promoter binding like (SPL) gene family encodes transcription factors that have been shown in many species to influence plant growth and development, but information about these genes in barley (Hordeum vulgare L.) is limited. This study identified 17 barley SPL genes, within eight distinct groups, that are orthologs of SPL genes described in Arabidopsis, wheat, and rice. Sixteen barley SPLs undergo alternative splicing. Seven SPLs contain a putative miR156 target site and the transcript levels of the miR156-targeted HvSPLs (HvSPL3, 13 and 23) were lower in vegetative than in reproductive phase but this was true also for some SPL genes such as HvSPL6 that were not regulated by miR156. Because SPL gene products regulate miR172, which is also involved in floral development, the expression of miR172 was studied. An antagonistic expression pattern of miR156 and miR172b during the vegetative and the reproductive phases signifies their apparent function in barley growth phase transition. Characterization of a barley mir172 mutant having an abnormal, indeterminate spikelet phenotype suggests the possible feedback role of AP2/miR172 module on HvSPL genes. This is the first comprehensive analysis of the miR156/SPL/miR172 axis in barley that provides a basis to elucidate their roles in various biological processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».