OmicsNet: a web-based tool for creation and visual analysis of biological networks in 3D space
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Prédiction distillée sur la base complète
Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
- Catégories candidates
- aucune
- Catégories consensuelles
- aucune
- Domaine
- Signal candidat: aucuneSignal consensuel: aucune
- Devis d'étude
- Signal candidat: Simulation ou modélisationSignal consensuel: aucune
- Genre
- Signal candidat: EmpiriqueSignal consensuel: Empirique
- Score de désaccord entre enseignants
- 0,930
- Score d'incertitude au seuil
- 0,325
- Statut de validation
machine_predicted_unvalidated·codex-gemma-dda1882f352a
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Biological networks play increasingly important roles in omics data integration and systems biology. Over the past decade, many excellent tools have been developed to support creation, analysis and visualization of biological networks. However, important limitations remain: most tools are standalone programs, the majority of them focus on protein-protein interaction (PPI) or metabolic networks, and visualizations often suffer from 'hairball' effects when networks become large. To help address these limitations, we developed OmicsNet - a novel web-based tool that allows users to easily create different types of molecular interaction networks and visually explore them in a three-dimensional (3D) space. Users can upload one or multiple lists of molecules of interest (genes/proteins, microRNAs, transcription factors or metabolites) to create and merge different types of biological networks. The 3D network visualization system was implemented using the powerful Web Graphics Library (WebGL) technology that works natively in most major browsers. OmicsNet supports force-directed layout, multi-layered perspective layout, as well as spherical layout to help visualize and navigate complex networks. A rich set of functions have been implemented to allow users to perform coloring, shading, topology analysis, and enrichment analysis. OmicsNet is freely available at http://www.omicsnet.ca.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
La notice
- Revue
- Nucleic Acids Research
- Thématique
- Bioinformatics and Genomic Networks
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- McGill University
- Organismes subventionnaires
- Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research ChairsGenome Canada
- Mots-clés
- VisualizationUploadBiological networkComputer scienceMerge (version control)Computer graphicsBiological dataGraphicsInteraction networkBiologyComputational biologyWorld Wide WebHuman–computer interactionBioinformaticsData miningInformation retrievalComputer graphics (images)
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui