Transiently depleting RNPS1 leads to perdurable changes in alternative splicing
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT While robust regulatory mechanisms are expected to control the production of splice variants that confer distinct functions, a low level of stochasticity may be tolerated. To investigate stringency of regulation, we followed changes in the splicing of 192 alternative cassette exons after growth of cancer-derived HCT116 cells and embryonic colonocytes. In both cell lines approximately 15% of alternative splicing events changed by more than 10 percentage points over a 42-day period. We then carried out a cycle of transient depletions targeting RNPS1, a splicing regulator implicated in genomic stability. For alternative splicing units not regulated by RNPS1, the level of splicing changes was similar to the stochastic value obtained after normal growth. However, the frequency of perdurable changes was at least twice that value for splicing events regulated by RNPS1. A swap allele assay performed on four RNPS1-responsive units that underwent splicing changes indicated the presence of mutations mediating this effect. Specifically, a T to C mutation in a RNPS1-responsive exon of ADARB1 confered exon skipping. Our results suggest that fluctuations in the level of a splicing regulator preferentially impact the integrity of genes encoding transcripts that are regulated by this splicing factor to produce perdurable changes in alternative splicing. We discuss the potential implication of this process in human evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».