DNA Methylation Of Repeated Elements And Cancer-related Genes In Normal Human Liver, and in Cancer and Non-cancer Liver Cell Lines, Treated With 5adc Or PCB126
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation of repeated elements and cancer-related genes in normal human liver, and in cancer and non-cancer liver cell lines, treated with 5adC or PCB126 ABSTRACT DNA methylation is an important epigenetic mechanism contributing to the regulation of gene expression and to the stability of DNA repeated sequences.Abnormal DNA methylation is a characteristic of cancer cells and there are scientific concerns that exposure to environmental contaminants (EC) might contribute to carcinogenesis by altering DNA methylation mechanisms.This study compared DNA methylation of repeated elements and cancerrelated genes in normal human liver, and in cancer (HepG2) and non-cancer (HC-04) cell lines, and investigated the effects of 5-aza-2'-deoxycytidine (5adC; a demethylation control) and polychlorinated biphenyl-126 (PCB126), a non-genotoxic rodent hepatocarcinogen.The results revealed striking celltype differences in DNA methylation of repeated elements (AluYb8, LINE-1, Sat-alpha) and 7/9 cancerrelated genes (CCND2, DAB2IP, DLEC1, GSTp1, OPCML, RASSF1, RUNX3, but not SFRP2 and SOCS1).In 72-h dose-response experiments, 5adC induced "U" shape demethylation responses in the nine investigated genes, but associated with elevated mRNA expression only in 6/9 and 3/9 genes in HC-04 and HepG2 cells, respectively.DNA methylation was resistant to PCB126 in most genes in both cell lines, except for reduced promoter methylation and increased expression of GSTp1 in HepG2 cells, which further support a role for oxidative stress in PCB126induced oncogenesis/toxicity. Finally, the different DNA methylation patterns and gene expression responses between the non-cancer HC-04 and cancer HepG2 cell lines provide alternative models to further explore epigenetic divergence in gene expression regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».