Identifying protist consumers of photosynthetic picoeukaryotes in the surface ocean using stable isotope probing
Notice bibliographique
Résumé
Summary Photosynthetic picoeukaryotes contribute a significant fraction of primary production in the upper ocean. Micromonas pusilla is an ecologically relevant photosynthetic picoeukaryote, abundantly and widely distributed in marine waters. Grazing by protists may control the abundance of picoeukaryotes such as M. pusilla , but the diversity of the responsible grazers is poorly understood. To identify protists consuming photosynthetic picoeukaryotes in a productive North Pacific Ocean region, we amended seawater with living 15 N, 13 C‐labelled M. pusilla cells in a 24‐h replicated bottle experiment. DNA stable isotope probing, combined with high‐throughput sequencing of V4 hypervariable regions from 18S rRNA gene amplicons (Tag‐SIP), identified 19 operational taxonomic units (OTUs) of microbial eukaryotes that consumed M. pusilla . These OTUs were distantly related to cultured taxa within the dinoflagellates, ciliates, stramenopiles (MAST‐1C and MAST‐3 clades) and Telonema flagellates, thus, far known only from their environmental 18S rRNA gene sequences. Our discovery of eukaryotic prey consumption by MAST cells confirms that their trophic role in marine microbial food webs includes grazing upon picoeukaryotes. Our study provides new experimental evidence directly linking the genetic identity of diverse uncultivated microbial eukaryotes to the consumption of picoeukaryotic phytoplankton in the upper ocean.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».