Comparative Genomic and Phenotypic Analysis of the Vaginal Probiotic Lactobacillus rhamnosus GR-1
Notice bibliographique
Résumé
Lactobacillus represents a versatile bacterial genus, which can adapt to a wide variety of ecological niches, including human body sites such as the intestinal and urogenital tract. In this study, the complete genome sequence of the vaginal probiotic Lactobacillus rhamnosus GR-1 was determined and compared to other L. rhamnosus strains at genomic and phenotypic level. The strain GR-1 was originally isolated from a female urethra, and was assessed with Lactobacillus rhamnosus GG from a feces sample of a healthy male, and Lactobacillus rhamnosus LC705 from a dairy product. A key difference is the absence in GR-1 and LC705 of the spaCBA locus required for pili-mediated intestinal epithelial adhesion. In addition, the L. rhamnosus GR-1 genome contains a unique cluster for exopolysaccharide production, which is postulated to synthesize glucose-rich, rhamnose-lacking exopolysaccharide molecules that are different from the galactose-rich EPS of L. rhamnosus GG. Compared to L. rhamnosus GG, L. rhamnosus GR-1 was also genetically predicted and experimentally shown to better metabolize lactose and maltose, and to better withstand oxidative stress, which is of relevance in the vagina. This study could thus provide a molecular framework for the selection of the optimal probiotic strain for each targeted niche and condition, but further substantiation of niche adaptation mechanisms of lactobacilli is warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».