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Enregistrement W2808042235 · doi:10.1093/molbev/msy115

Intratumor Heterogeneity and Circulating Tumor Cell Clusters

2017· article· en· W2808042235 sur OpenAlexafffund
Zafarali Ahmed, Simon Gravel

Notice bibliographique

RevueMolecular Biology and Evolution · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation CentreMcGill University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCanada Research Chairs
Mots-clésBiologyEvolutionary biologyComputational biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Genetic diversity plays a central role in tumor progression, metastasis, and resistance to treatment. Experiments are shedding light on this diversity at ever finer scales, but interpretation is challenging. Using recent progress in numerical models, we simulate macroscopic tumors to investigate the interplay between growth dynamics, microscopic composition, and circulating tumor cell cluster diversity. We find that modest differences in growth parameters can profoundly change microscopic diversity. Simple outwards expansion leads to spatially segregated clones and low diversity, as expected. However, a modest cell turnover can result in an increased number of divisions and mixing among clones resulting in increased microscopic diversity in the tumor core. Using simulations to estimate power to detect such spatial trends, we find that multiregion sequencing data from contemporary studies is marginally powered to detect the predicted effects. Slightly larger samples, improved detection of rare variants, or sequencing of smaller biopsies or circulating tumor cell clusters would allow one to distinguish between leading models of tumor evolution. The genetic composition of circulating tumor cell clusters, which can be obtained from non-invasive blood draws, is therefore informative about tumor evolution and its metastatic potential.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,404
Score d'incertitude au seuil0,513

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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