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Enregistrement W2808049856 · doi:10.1038/s41598-018-27515-w

Avian influenza surveillance in domestic waterfowl and environment of live bird markets in Bangladesh, 2007–2012

2018· article· en· W2808049856 sur OpenAlexafffund
Salah Uddin Khan, Emily S. Gurley, Nancy Gerloff, Mohammed Ziaur Rahman, Natosha Simpson, Mustafizur Rahman, Najmul Haider, Sukanta Chowdhury, Amanda Balish, Rashid Zaman, Sharifa Nasreen, Bidhan Chandra Das, Eduardo Azziz‐Baumgartner, Katharine Sturm‐Ramirez, C. Todd Davis, Rubén O. Donis, Stephen P. Luby

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueInfluenza Virus Research Studies
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesAgency for Toxic Substances and Disease RegistryCenters for Disease Control and PreventionStyrelsen för Internationellt UtvecklingssamarbeteGlobal Affairs CanadaMinistry of Health and Family WelfareDepartment for International DevelopmentInternational Centre for Diarrhoeal Disease Research, BangladeshUnited States Agency for International Development
Mots-clésWaterfowlInfluenza A virus subtype H5N1GeographyHighly pathogenicFisheryEnvironmental healthZoologyBiologyVirologyEcologyMedicineVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Avian influenza viruses, including highly pathogenic strains, pose severe economic, animal and public health concerns. We implemented live bird market surveillance in Bangladesh to identify the subtypes of avian influenza A viruses in domestic waterfowl and market environments. We collected waterfowl samples monthly from 4 rural sites from 2007 to 2012 and environmental samples from 4 rural and 16 urban sites from 2009 to 2012. Samples were tested through real-time RT-PCR, virus culture, and sequencing to detect and characterize avian influenza A viruses. Among 4,308 waterfowl tested, 191 (4.4%) were positive for avian influenza A virus, including 74 (1.9%) avian influenza A/H5 subtype. The majority (99%, n = 73) of the influenza A/H5-positive samples were from healthy appearing waterfowl. Multiple subtypes, including H1N1, H1N3, H3N2, H3N6, H3N8, H4N1, H4N2, H4N6, H5N1 (clades 2.2.2, 2.3.2.1a, 2.3.4.2), H5N2, H6N1, H7N9, H9N2, H11N2 and H11N3, H11N6 were detected in waterfowl and environmental samples. Environmental samples tested positive for influenza A viruses throughout the year. Avian influenza viruses, including H5N1 and H9N2 subtypes were also identified in backyard and small-scale raised poultry. Live bird markets could be high-risk sites for harboring the viruses and have the potential to infect naive birds and humans exposed to them.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,024
Score d'incertitude au seuil0,561

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,323
Écart entre enseignants0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations76
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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