Design of a molecular assay to differentiate ‘white’ from ‘common’ threespine stickleback (Gasterosteus aculeatus) ecotypes
Notice bibliographique
Résumé
The 'White' Threespine Stickleback is a form of stickleback endemic to Nova Scotia, Canada, which exists sympatrically with the 'common' marine Threespine Stickleback.These fish differ in both morphology and behaviour.White stickleback change colour to an iridescent white during the breeding season rather than blue like the commons.Common males also care for eggs while they are in their nests whereas white males remove eggs from their nests and disperse them throughout the surrounding algae.Aside from male breeding colouration there are no known morphological traits that clearly differentiate white from common ecotypes.Therefore, an effective identification method is necessary to classify females, juvenile males, and mature males outside of the breeding season to study the mechanisms underlying adaptive divergence in colouration and parental care.White and common stickleback do form genetically distinct groups and in this thesis I attempted to develop a molecular assay to identify the fish by using previously identified regions of the stickleback genome with high differentiation between the two ecotypes.I designed primer sets to amplify microsatellite markers from these 'outlier' regions and analyzed allele frequencies of three loci with a discriminant analysis of principal components.I found that the use of only three markers was insufficient to differentiate the ecotypes, so the addition of other markers will be needed to design a successful assay.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».