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Enregistrement W2808358827 · doi:10.1038/s41467-018-07863-x

Low-frequency variation in TP53 has large effects on head circumference and intracranial volume

2019· article· en· W2808358827 sur OpenAlexafffund
Simon Haworth, Chin Yang Shapland, Caroline Hayward, Bram P. Prins, Janine F. Felix, Carolina Medina‐Gómez, Fernando Rivadeneira, Carol A. Wang, Tarunveer S. Ahluwalia, Martine Vrijheid, Mònica Guxens, Jordi Sunyer, Ioanna Tachmazidou, Klaudia Walter, Valentina Iotchkova, Andrew P. Jackson, Louise Cleal, Jennifer Huffmann, Josine L. Min, Lærke Sass, Paul R. H. J. Timmers, Saeed Al Turki, Carl A. Anderson, Richard Anney, Dinu Antony, María Soler Artigas, Muhammad Ayub, Senduran Bala, Jeffrey C. Barrett, Inês Barroso, Phil Beales, Jamie Bentham, Shoumo Bhattacharya, Ewan Birney, Douglas Blackwood, Martin Bobrow, Elena G. Bochukova, Patrick Bolton, Rebecca Bounds, Chris Boustred, Gerome Breen, Mattia Calissano, Keren Carss, Ruth Charlton, Krishna Chatterjee, Lu Chen, Antonio Ciampi, Sebahattin Çırak, Peter Clapham, Gail Clement, Guy Coates, Massimiliano Cocca, David Collier, Catherine Cosgrove, Tony Cox, Nick Craddock, Lucy Crooks, Sarah Curran, David Curtis, Allan Daly, Petr Danecek, Ian N. M. Day, Aaron Day-Williams, Anna F. Dominiczak, Thomas A. Down, Yuanping Du, Ian Dunham, Richard Durbin, Sarah Edkins, Rosemary Ekong, Peter Ellis, David M. Evans, I. Sadaf Farooqi, David Fitzpatrick, Paul Flicek, James Floyd, A. Reghan Foley, Christopher S. Franklin, Marta Futema, Louise Gallagher, Tom R. Gaunt, Matthias Geihs, Daniel Geschwind, Celia M.T. Greenwood, Heather Griffin, Detelina Grozeva, Xiaosen Guo, Xueqin Guo, Hugh Gurling, Deborah Hart, Audrey E. Hendricks, Peter Holmans, Bryan Howie, Jie Huang, Tim Hubbard, Steve E. Humphries, Matthew E. Hurles, Pirro G. Hysi, David K. Jackson, Yalda Jamshidi, Christopher Joyce, Konrad J. Karczewski, Jane Kaye, Thomas Keane, John P. Kemp, Karen L. Kennedy, Alastair Kent, Julia M. Keogh, Farrah Khawaja, Margriet van Kogelenberg, Anja Kolb‐Kokocinski, Geneviève Lachance, Cordelia Langford, Daniel J. Lawson, Irene Lee, Monkol Lek, Rui Li, Yingrui Li, Jieqin Liang, Hong Lin, Ryan Liu, Jouko Lönnqvist, Luís R. Lopes, Margarida Lopes, Daniel G. MacArthur, Massimo Mangino, Jonathan Marchini, Gaëlle Marenne, John Maslen, Iain Mathieson, Shane McCarthy, Peter McGuffin, Andrew M. McIntosh, Andrew G. McKechanie, Andrew McQuillin, Yasin Memari, Sarah Metrustry, Nicola Migone, Hannah M. Mitchison, Alireza Moayyeri, Andrew D. Morris, James Morris, Dawn Muddyman, Francesco Muntoni, Kate Northstone, Michael O‘Donovan, Stephen O’Rahilly, Alexandros Onoufriadis, Karim Oualkacha, Michael J. Owen, Aarno Palotie, Kalliope Panoutsopoulou, Victoria Parker, Jeremy Parr, Lavinia Paternoster, Tiina Paunio, Felicity Payne, Stewart J. Payne, John R. B. Perry, Olli Pietiläinen, Vincent Plagnol, Rebecca C. Pollitt, David J. Porteous, Sue Povey, Michael A. Quail, Lydia Quaye, F. Lucy Raymond, Karola Rehnström, J. Brent Richards, Cheryl K. Ridout, Susan M. Ring, Graham R. S. Ritchie, Nicola Roberts, Rachel L. Robinson, David B. Savage, Peter Scambler, Stephan Schiffels, Miriam Schmidts, Nadia Schoenmakers, Richard H. Scott, Robert K. Semple, Eva Serra, Sally I. Sharp, Adam Shaw, Hashem A. Shihab, So–Youn Shin, David Skuse, Kerrin S. Small, Carol Smee, Blair H. Smith, Nicole Soranzo, Lorraine Southam, Olivera Spasić-Bošković, Timothy D. Spector, David St Clair, Jim Stalker, Elizabeth Stevens, Jianping Sun, Gabriela Surdulescu, Jaana Suvisaari, Petros Syrris, Rohan Taylor, Jing Tian, Martin D. Tobin, Ana M. Valdes, Anthony M. Vandersteen, Parthiban Vijayarangakannan, Peter M. Visscher, Louise V. Wain, James Walters, Guangbiao Wang, Jun Wang, Yu Wang, Kirsten Ward, Eleanor Wheeler, Tamieka Whyte, Hywel Williams, Kathleen A. Williamson, Crispian Wilson, Scott G. Wilson, Kim Wong, Changjiang Xu, Jian Yang, Pingbo Zhang, Hou‐Feng Zheng, George Davey Smith, Simon E. Fisher, James F. Wilson, Tim Cole, Dietmar Fernández‐Orth, Klaus Bønnelykke, Hans Bisgaard, Craig E. Pennell, Vincent W. V. Jaddoe, George Dedoussis, Nicholas J. Timpson, Eleftheria Zeggini, Véronique Vitart, Beaté St Pourcain

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer-related Molecular Pathways
Établissements canadiensUniversité du Québec à MontréalJewish General HospitalMcGill UniversityQueen's University
Organismes subventionnairesNIHR Cambridge Biomedical Research CentreDepartment of Epidemiology, Biostatistics and Occupational Health, McGill UniversityInstitute of Psychiatry, Psychology and Neuroscience, King’s College LondonUniversitätsklinikum KölnQueen's UniversityUniversity of BristolUniversity of GlasgowMedical Research CouncilUniversity of SussexUniversity of OxfordJewish General HospitalKing's College LondonDiamantina Institute, University of QueenslandUniversity of LeicesterWellcome TrustCancer Research UKUniversity College LondonBritish Heart FoundationUniversidade de LisboaBroad InstituteTerveyden ja hyvinvoinnin laitosEuropean Molecular Biology LaboratoryLundbeckfondenCardiff UniversityEli Lilly and CompanyNational Cancer Research InstituteCancer Research InstituteMcGill UniversityHelsingin YliopistoAdaptive BiotechnologiesNational Institute for Health and Care ResearchQueen Mary University of LondonSussex Partnership NHS Foundation TrustBiogenUniversity of EdinburghDavid Geffen School of Medicine, University of California, Los AngelesMassachusetts General Hospital
Mots-clésGenetic architectureHead circumferenceAlleleGenetic variationBrain sizeAllele frequencyBiologyVariation (astronomy)DemographyGeneticsEvolutionary biologyMedicinePhenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cranial growth and development is a complex process which affects the closely related traits of head circumference (HC) and intracranial volume (ICV). The underlying genetic influences shaping these traits during the transition from childhood to adulthood are little understood, but might include both age-specific genetic factors and low-frequency genetic variation. Here, we model the developmental genetic architecture of HC, showing this is genetically stable and correlated with genetic determinants of ICV. Investigating up to 46,000 children and adults of European descent, we identify association with final HC and/or final ICV + HC at 9 novel common and low-frequency loci, illustrating that genetic variation from a wide allele frequency spectrum contributes to cranial growth. The largest effects are reported for low-frequency variants within TP53, with 0.5 cm wider heads in increaser-allele carriers versus non-carriers during mid-childhood, suggesting a previously unrecognized role of TP53 transcripts in human cranial development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,712
Score d'incertitude au seuil0,681

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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