Eight new genomes of organohalide-respiring <i>Dehalococcoides mccartyi</i> reveal evolutionary trends in reductive dehalogenase enzymes
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Bioaugmentation is now a well-established approach for attenuating toxic groundwater and soil contaminants, particularly for chlorinated ethenes and ethanes. The KB-1 and WBC-2 consortia are cultures used for this purpose. These consortia contain organisms belonging to the Dehalococcoidia, including strains of Dehalococcoides mccartyi in KB-1 and of both D. mccartyi and Dehalogenimonas in WBC-2. These tiny anaerobic bacteria couple respiratory reductive dechlorination to growth and harbour multiple reductive dehalogenase genes ( rdhA ) in their genomes, the majority of which have yet to be characterized. Results Using a combination of Illumina mate-pair and paired-end sequencing we closed the genomes of eight new strains of Dehalococcoides mccartyi found in three related KB-1 sub-cultures that were enriched on trichloroethene (TCE), 1,2-dichloroethane (1,2-DCA) and vinyl chloride (VC), bringing the total number of genomes available in NCBI to 24. A pangenome analysis was conducted on 24 Dehalococcoides genomes and five Dehalogenimonas genomes (2 in draft) currently available in NCBI. This Dehalococcoidia pangenome generated 2875 protein families comprising of 623 core, 2203 accessory, and 49 unique protein families. In Dehalococcoides mccartyi the complement of reductive dehalogenase genes varies by strain, but what was most surprising was how the majority of rdhA sequences actually exhibit a remarkable degree of synteny across all D. mccartyi genomes. Several homologous sequences are also shared with Dehalogenimonas genomes. Nucleotide and predicted protein sequences for all reductive dehalogenases were aligned to begin to decode the evolutionary history of reductive dehalogenases in the Dehalococcoidia. Conclusions The conserved synteny of the rdhA genes observed across Dehalococcoides genomes indicates that the major differences between strain rdhA gene complement has resulted from gene loss rather than recombination. These rdhA have a long evolutionary history and trace their origin in the Dehalococcoidia prior to the speciation of Dehalococcoides and Dehalogenimonas. The only rdhA genes suspected to have been acquired by lateral gene transfer are protein-coding rdhA that have been identified to catalyze dehalogenation of industrial pollutants. Sequence analysis suggests that evolutionary pressures resulting in new rdhA genes involve adaptation of existing dehalogenases to new substrates, mobilization of rdhA between genomes or within a genome, and to a lesser degree manipulation of regulatory regions to alter expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».