Vitamin D, calcium, dairy products and genes involved in their metabolic pathways in colorectal cancer risk and survival
Notice bibliographique
Résumé
Background Vitamin D, calcium, and dairy products are inversely associated with colorectal cancer incidence. These inverse associations may be mediated by the vitamin D binding protein, the vitamin D receptor (VDR), and the calcium sensing receptor (CASR). The purpose of the thesis was to investigate prediagnostic consumption of vitamin D, calcium, and dairy products and genetic variations in genes involved in their metabolic pathways (GC, VDR, and CASR) for their relevance to colorectal cancer risk and survival in the Newfoundland and Labrador population. Methods A population-based case-control study identified over 700 incident colorectal cancer cases (including 531 patients with follow-up data on mortality end-points) and 489 matched controls. Data on diet and lifestyle factors were gathered via epidemiological questionnaires. Germline DNA samples were genotyped with the Illumina Omni-Quad 1 Million chip in cases and the Affymetrix Axiom® myDesign™ Array in controls. Multivariable logistic regression examined the associations of these nutrients and genetic variants with colorectal cancer risk. Kaplan-Meier curves and Cox models assessed the relationship with overall survival (all-cause mortality, OS) and disease-free survival (DFS) among colorectal cancer patients. Results Results from this study are presented in three related, yet standalone manuscripts: 1) The GC rs2282679 polymorphism was not associated with colorectal cancer risk overall but was correlated with the DFS of colorectal cancer patients (per C allele HR, 1.36; 95% CI, 1.05- 1.77). The association of this SNP on DFS was limited to BRAF wild-type tumors. 2) VDR and CASR genes were associated with DFS and OS of colorectal cancer, respectively, at the gene level. Haplotype analysis within linkage blocks of CASR revealed the G-G-G-G-G-A- C haplotype (rs10222633-rs10934578-rs3804592-rs17250717-A986S-R990G-rs1802757) to be associated with a decreased OS of colon cancer (HR, 3.15; 95% CI, 1.66-5.96). 3) Prediagnostic calcium intake from foods, but not total calcium intake, was negatively associated with all-cause mortality (HR for Q2 vs. Q1, 0.44; 95% CI, 0.26-0.75). An inverse relationship was also seen in a dose-response fashion for prediagnostic cheese intake (P trend=0.029). No evidence for modification by factors known to be associated with colorectal cancer survival was observed. Conclusions Our results indicate that genetic variations in GC, VDR and CASR genes are associated with survival after colorectal cancer diagnosis. These findings also suggest a protective role of prediagnostic intakes of cheese and calcium from foods against colorectal cancer progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».