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Enregistrement W2808544307 · doi:10.7717/peerj.5007

Evaluating the utility of the female-specific mitochondrial <i>f-orf</i> gene for population genetic, phylogeographic and systematic studies in freshwater mussels (Bivalvia: Unionida)

2018· article· en· W2808544307 sur OpenAlexaff
Brent M. Robicheau, Emily E. Chase, Walter R. Hoeh, John L. Harris, Donald T. Stewart, Sophie Breton

Notice bibliographique

RevuePeerJ · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueAquatic Invertebrate Ecology and Behavior
Établissements canadiensUniversité de MontréalAcadia UniversityDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyMitochondrial DNAGeneticsPhylogeographyPopulationGeneFreshwater bivalveEvolutionary biologyPopulation geneticsZoologyPhylogeneticsBivalviaMollusca

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Freshwater mussels (order: Unionida) represent one of the most critically imperilled groups of animals; consequently, there exists a need to establish a variety of molecular markers for population genetics and systematic studies in this group. Recently, two novel mitochondrial protein-coding genes were described in unionoids with doubly uniparental inheritance of mtDNA. These genes are the f-orf in female-transmitted mtDNA and the m-orf in male-transmitted mtDNA. In this study, whole F-type mitochondrial genome sequences of two morphologically similar Lampsilis spp. were compared to identify the most divergent protein-coding regions, including the f-orf gene, and evaluate its utility for population genetic and phylogeographic studies in the subfamily Ambleminae. We also tested whether the f-orf gene is phylogenetically informative at the species level. Our preliminary results indicated that the f-orf gene could represent a viable molecular marker for population- and species-level studies in freshwater mussels.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,040
Score d'incertitude au seuil0,339

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,086
Tête enseignante GPT0,336
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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