A Virus Infecting Marine Photoheterotrophic Alphaproteobacteria (Citromicrobium spp.) Defines a New Lineage of ssDNA Viruses
Notice bibliographique
Résumé
In recent metagenomic studies, single-stranded DNA (ssDNA) viruses that infect bacteria have been shown to be diverse and prevalent in the ocean; however, there are few isolates of marine ssDNA phages. Here, we report on a cultivated ssDNA phage (vB_Cib_ssDNA_P1) that infects Citromicrobium bathyomarinum RCC1878 (family Sphingomonadaceae), and other members of the genus. This is the first ssDNA phage reported to infect marine alphaproteobacteria, and represents a newly recognized lineage of the Microviridae infecting members of Sphingomonadaceae, the Amoyvirinae. The ~26 nm diameter polyhedral capsid contains a 4,360 bp genome with 6 open reading frames (ORFs) and a 59.3% G+C content. ORF1 encodes the capsid protein and ORF3 encodes the replication initiator protein. The replication cycle is ~5 hours, followed by a burst releasing about 180 infectious particles. The closest relative of vB_Cib_ssDNA_P1 is a prophage within the genome of Novosphingobium tardaugens strain NBRC16725. Phylogenetic analysis indicates that the vB_Cib_ssDNA_P1 phage and two related prophages, as well as an environmental sequence, form a novel group within the Microviridae. Our results indicate that this is a previously unknown lineage of ssDNA viruses which also supplies a new model system for studying interactions between ssDNA phages and marine bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».