Development and Evaluation of a Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Diagnosis of<i> Schistosoma mansoni</i> Infection in Faecal Samples
Notice bibliographique
Résumé
Human intestinal schistosomiasis is caused by the blood fluke, Schistosoma mansoni. With intensified efforts to control schistosomiasis by mass drug administration using praziquantel (PZQ), there is an urgent need to have accessible, quality-assured diagnostic tests for case detection and disease surveillance and for monitoring efficacy of treatment and other interventions. Current diagnostic tools are limited by suboptimal sensitivity, slow turn-around-time, affordability, and inability to distinguish current from past infections. We describe a simple and rapid diagnostic assay, based on the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) technology for diagnosis of S. mansoni infection in human faecal samples. The LAMP primers used in this assay were previously described and they target a 121-bp DNA repeat sequence in S. mansoni. The LAMP assay was optimized at an isothermal temperature of 63°C for 1 hour. The amplified DNA was either visualized under ultraviolet light after electrophoresis or by directly observing the color change after staining the amplicons with CYBR Green dye. The LAMP assay was evaluated against the microscopy-based procedure and the results were analysed using Cohen’s kappa coefficient to determine the degree of agreement between the two techniques. The LAMP assay reliably detected S. mansoni ova DNA in faecal samples and parasite DNA in amounts as low as 32fg. When the assay was tested for specificity against other faecal-based soil-transmitted helminths (STH), no cross-reactivity was observed. The LAMP assay was superior to the Kato-Katz assay with a 97% specificity; a high positivity score reliably detecting S. mansoni and a Kappa Coefficient of 0.9 suggested an exceptional agreement between the two techniques. The LAMP assay developed has great potential for application in field settings to support S. mansoni control and elimination campaigns.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».