Identification of Marbling Gene Loci in Commercial Pigs in Canadian Herds
Notice bibliographique
Résumé
A genome-wide association study (GWAS) was performed on the intramuscular fat percentage in pork chops in commercially available swine in Canada. The Duroc, Iberian, Lacombe, Berkshire, and Pietrain breeds were crossed with Large White sows, and their F1 offspring were ranked according to the intramuscular fat percentage (IMF %) obtained in their longissimus dorsi (LD) muscle loin chops. The ideal IMF % is considered to be >3%, whereas the average is ~1.5% in North American pork. The genetics of the top 10% and bottom 10% from our sample population were analysed by using 80,000 single nucleotide polymorphism (SNP) microarrays in the GWAS. Our sample population had an average IMF % of 2.5 ± 0.7%, but some pork achieved >7% IMF. GWAS analysis revealed SNP markers which were associated with the highest marbled pork chops on chromosomes 5, 7, and 16. Using the Sus scrofa/ susScr 11.1 map, we determined that the nearest genes were sarcospan (SSPN), Rh-associated glycoprotein (RHAG), and EGF-like fibronectin and laminin G (EGFLAM), which can be linked with muscular dystrophy disorders. We tested a subpopulation of Duroc-sired animals and found a different set of markers close to glycine receptor beta (GRLB) and potassium channel 3 (KCNJ3) on chromosomes 8 and 15. Based on our results, we could achieve pork with a good IMF of >4% from animals commercially bred and raised to standard market weights of 110 kg. The choice of obtaining a good marbling line of pigs is not necessarily breed-specific, but it is line-specific.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».