Cross‐contamination of the human salivary gland <scp>HSG</scp> cell line with HeLa cells: A <scp>STR</scp> analysis study
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: The human salivary gland (HSG) cell line, labeled as a submandibular ductal cell line, is commonly used as in vitro models to study radiation therapy, Sjögren's syndrome, pleomorphic adenoma, mucocele, epithelial-to-mesenchymal transition, and epigenetics. However, the American Type Culture Collection (ATCC) has recently released a list of cross-contaminated cell lines that included HSG. Despite this notice, some research laboratories still use HSG as a salivary cell model. Therefore, this study examined the authenticity of HSG sampled from three different laboratories. METHODS: DNA was extracted from HSG and additional salivary cell lines (NS-SV-AC, NS-SV-DC, A253, HSY) and submitted for cell line authentication with short tandem repeat (STR) analysis. RESULTS: All HSG samples had STR profiles indicating >80% match with HeLa in both the ATCC and Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) databases. This confirmed that HSG sampled from three different laboratories and HSY shared a common ancestry (host) with HeLa, whereas NS-SV-AC, NS-SV-DC, and A253 had unique STR profiles. CONCLUSION: Short tandem repeat analysis revealed that HSG was contaminated by the HeLa cell line. Furthermore, because genotyping of the original HSG cell line was not performed during its establishment, it will be difficult to authenticate an uncontaminated sample of HSG.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».