Integrative Conjugative Element ICEHs1 Encodes for Antimicrobial Resistance and Metal Tolerance in Histophilus somni
Notice bibliographique
Résumé
The objectives of this study were to determine antimicrobial resistance and metal tolerance, and identify associated genes and mobile genetic elements in clinical strains of Histophilus somni isolated from feedlot cattle in Alberta during years 2012-2016 (contemporary isolates, n=63) and years 1980-1990 (historical isolates, n=31). Comparison of antimicrobial resistance (AMR) showed a significant increase in resistance among contemporary isolates compared to historical isolates (P<0.001). Tolerance to copper (Cu) and zinc (Zn) concentrations above 1 mM was observed in 68% and 52% of the contemporary isolates, respectively. The tet(H) gene associated with oxytetracycline resistance and multicopper oxidase (mco) and cation efflux (czcD) genes associated with Cu and Zn tolerance were identified. An integrative conjugative element; ICEHs1, was identified in whole genome sequences of strains resistant to oxytetracycline, which had Cu and Zn minimum inhibitory concentrations (MIC) greater than 1 mM. The length of ICEHs1 was 64,932 bp and it contained 83 genes, including tetracycline resistance gene tetH, a multidrug efflux pump gene ebrB, and metal tolerance genes mco, czcD, and acr3. Comparative genomics of ICEs revealed that ICEHs1 shares high homology with previously described ICEs of Histophilus somni, Pasteurella multocida and Mannheimia haemolytica. The ICEHs1 is an active element capable of intra- and inter-genus transfer as demonstrated by successful transfer to H. somni and P. multocida recipients. All isolates carrying ICEHs1 were resistant to tetracycline, a commonly used antibiotic in feedlots, and had Cu and Zn MIC higher than 1 mM. Since Cu and Zn are routinely used in feedlots, there is the possibility of co-selection of AMR in H. somni due to selection pressure created by Cu and Zn. Based on results of in-vitro conjugation experiments, ICEHs1 mediated transmission of antimicrobial and metal resistance genes is possible between BRD pathogens in the respiratory tract, potentially undermining treatment options available for histophilosis and BRD.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».