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Enregistrement W2809215551 · doi:10.1101/351866

Phylogenetic relationships in the genus <i>Avena</i> based on the nuclear <i>pgk1</i> gene

2018· preprint· en· W2809215551 sur OpenAlexaff
Yuanying Peng, Pingping Zhou, Jun Zhao, Junzhuo Li, Shikui Lai, Nicholas A. Tinker, Shu Liao, Honghai Yan

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Reproductive Biology
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesBrigham Young UniversityU.S. Department of Agriculture
Mots-clésGenomeBiologyPolyploidPloidyPhylogenetic treeGeneticsNuclear genePhylogeneticsGeneEvolutionary biologyHaplotypeGenome sizeAllele

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The phylogenetic relationships among 76 Avena taxa, representing 14 diploids, eight tetraploids, and four hexaploids were investigated by using the nuclear plastid 3-phosphoglycerate kinase gene( pgk1 ). A significant deletion (131 bp) was detected in all the C genome homoeologues which reconfirmed a major structural divergence between the A and C genomes. Phylogenetic analysis indicated the C p genome is more closely related to the polyploid species than is the C v genome. Two haplotypes of pgk1 gene were obtained from most of the AB genome tetraploids. Both types of the barbata group showed a close relationship with the A s genome diploid species, supporting the hypothesis that both the A and B genomes are derived from an A s genome. Two haplotypes were also detected in A. agadiriana , which showed close relationships with the A s genome diploid and the A c genome diploid, respectively, emphasizing the important role of the A c genome in the evolution of A. agadiriana. Three homoeologues of thepgK1 gene were detected in five hexaploid accessions. The homoeologues that might represent the D genome were tightly clustered with the tetraploids A. marrocana and A. murphyi , but did not show a close relationship with any extant diploid species.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,309
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,190 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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