HGG-20. DNA METHYLATION ANALYSIS OF HIGH-GRADE GLIOMA IN PATIENTS WITH MISMATCH REPAIR DEFICIENCIES
Notice bibliographique
Résumé
Patients with constitutional mismatch repair deficiency (CMMRD) are prone to developing high-grade glioma (HGG). These tumours acquire DNA polymerase mutations and become ultra-hypermutant harbouring hundreds of mutations per megabase. The impact of these mutations on methylation profile and the ability of the tool to differentiate MMRD tumours from others is unknown. In order to answer these questions, we performed either 450k/850K methylation analysis on a cohort of 52 CMMRD-HGG and compared them to 148 non-CMMRD HGG and normal brain controls. CMMRD HGG harbouring classic mutations in histone 3 or IDH genes had a methylation profile which clustered closely with non-MMRD tumours harbouring these mutations. Tumours without these alterations exhibited a tendency to hypomethylation with some tumours being extremely hypomethylated in comparison to other HGG. Hypomethylation was unrelated to mutational burden and type of DNA polymerase mutation present. Gene set analysis of methylation patterns revealed enrichment of hypomethylation for cellular pathways involved in cellular metabolism, organelle maintenance, mitotic cell cycle and gene expression. This pattern persisted in subgroup analysis of IDH mutant tumours in patients with and without MMRD. Importantly, this pattern was present in MMRD HGG with mutational burdens <10 mutations/MB and shared between primary and recurrent tumours suggesting that hypomethylation is an early event. CMMR-HGG have unique pattern of hypomethylation which can distinguish them from other paediatric HGG. Several plausible explanations include that hypomethylation in specific pathways confer a survival advantage on the cells which acquire it, or that hypermutations in specific CpG affect methylation patterns in these genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».