DIPG-38. ID1 EXPRESSION CORRELATES WITH H3F3A K27M MUTATION AND EXTRA-PONTINE INVASION IN DIPG
Notice bibliographique
Résumé
ID1 regulates transcription by interacting with bHLH transcription factors and previous work has shown that over-expression of the recurrent DIPG H3F3A K27M and ACVR1 mutations in cultured astrocytes lead to an increase in ID1 expression; this has not been validated in human DIPG. DNA (exome)/RNA sequencing of 34 DIPGs and 17 normal samples (SickKids) revealed that ID1 expression was significantly increased in tumor as compared to normal (p=0.001). ID1 expression was significantly higher in H3F3A K27M-mutated tumors as compared to normal (p=0.003), but not in ACVR1-mutated tumors. This was confirmed in an analysis of pediatric high-grade gliomas (PedcBioPortal) where ID1 expression was increased in H3F3A K27M-mutated tumors as compared to H3 wildtype (p=0.0055, n=189), but not in ACVR1-mutated tumors as compared to ACVR1 wildtype (p=0.1178, n=114). In an additional patient with DIPG at autopsy, multi-focal sequencing revealed clonal mutations in HIST1H3B K27M and ACVR1 and ID1 expression correlated with tumor size and cerebellar invasion. We identified several genes whose expression in pediatric HGG correlated with that of ID1 and which have been implicated in invasion and/or metastasis in various solid tumors. ChipSeq revealed reduced K27 me3 and elevated K27 acetylation at the ID1 locus in multiple K27M-mutant DIPG cell lines, pointing to an epigenetic control of this phenotype in H3F3A K27M-mutated DIPGs. Based on these data, we propose that epigenetically controlled upregulation of ID1 promotes DIPG invasion in H3F3A K27M-mutated DIPG and represents an optimal therapeutic target.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».