Insights into the Structure of the Spruce Budworm (<i>Choristoneura fumiferana</i>) Genome, as Revealed by Molecular Cytogenetic Analyses and a High-Density Linkage Map
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genome structure characterization can contribute to a better understanding of processes such as adaptation, speciation, and karyotype evolution, and can provide useful information for refining genome assemblies. We studied the genome of an important North American boreal forest pest, the spruce budworm, Choristoneura fumiferana, through a combination of molecular cytogenetic analyses and construction of a high-density linkage map based on single nucleotide polymorphism (SNP) markers obtained through a genotyping-by-sequencing (GBS) approach. Cytogenetic analyses using fluorescence in situ hybridization methods confirmed the haploid chromosome number of n = 30 in both sexes of C. fumiferana and showed, for the first time, that this species has a WZ/ZZ sex chromosome system. Synteny analysis based on a comparison of the Bombyx mori genome and the C. fumiferana linkage map revealed the presence of a neo-Z chromosome in the latter species, as previously reported for other tortricid moths. In this neo-Z chromosome, we detected an ABC transporter C2 (ABCC2) gene that has been associated with insecticide resistance. Sex-linkage of the ABCC2 gene provides a genomic context favorable to selection and rapid spread of resistance against Bacillus thuringiensis serotype kurstaki (Btk), the main insecticide used in Canada to control spruce budworm populations. Ultimately, the linkage map we developed, which comprises 3586 SNP markers distributed over 30 linkage groups for a total length of 1720.41 cM, will be a valuable tool for refining our draft assembly of the spruce budworm genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».