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Enregistrement W2811036128 · doi:10.1101/001552

Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans

2013· article· en· W2811036128 sur OpenAlexaff
Iosif Lazaridis, Nick Patterson, Alissa Mittnik, Gabriel Renaud, Swapan Mallick, Karola Kirsanow, Peter H. Sudmant, Joshua G. Schraiber, Sergi Castellano, Mark Lipson, Bonnie Berger, Christos Economou, Ruth Bollongino, Qiaomei Fu, Kirsten I. Bos, Susanne Nordenfelt, Heng Li, Cesare de Filippo, Kay Prüfer, Susanna Sawyer, Cosimo Posth, Wolfgang Haak, Fredrik Hallgren, Elin Fornander, Nadin Rohland, Dominique Delsate, Michael Francken, Jean-Michel Guinet, Joachim Wahl, George Ayodo, Hamza A. Babiker, Graciela Bailliet, Elena Balanovska, Oleg Balanovsky, Ramiro Barrantes, Gabriel Bedoya, Haim Ben‐Ami, Judit Bene, Fouad Berrada, Cláudio M. Bravi, Francesca Brisighelli, George Busby, Francesco Calı̀, Mikhail Churnosov, David E.C. Cole, Daniel Corach, Larissa D. Damba, George van Driem, Stanislav Dryomov, Jean‐Michel Dugoujon, С.А. Федорова, Irene Gallego Romero, Marina Gubina, Michael F. Hammer, Brenna M. Henn, Tor Hervig, Uğur Hodoğlugil, Aashish R. Jha, Sena Karachanak-Yankova, Р. И. Хусаинова, Э. К. Хуснутдинова, Rick A. Kittles, Toomas Kivisild, William Klitz, Vaidutis Kučinskas, Alena Kushniarevich, Leila Laredj, Sergey Litvinov, Theologos Loukidis, Robert W. Mahley, Béla Melegh, Ene Metspalu, Julio Molina, Joanna L. Mountain, Klemetti Näkkäläjärvi, Desislava Nesheva, Thomas Nyambo, L. P. Osipova, Jüri Parik, Федор Алексеевич Платонов, Olga L. Posukh, Valentino Romano, Francisco Rothhammer, Igor Rudan, Ruslan Ruizbakiev, Hovhannes Sahakyan, Antti Sajantila, Antonio Salas, Elena B. Starikovskaya, Ayele Tarekegn, Драга Тончева, Shahlo Тurdikulova, Ingrida Uktverytė, Olga Utevska, René Vásquez, Mercedes Villena, М. И. Воевода, Cheryl A. Winkler, Levon Yepiskoposyan, Pierre Zalloua, Tatijana Zemunik, Alan Cooper, Cristian Capelli, Mark Thomas, Andrés Ruiz‐Linares, Sarah A. Tishkoff, Lalji Singh, Kumarasamy Thangaraj, Richard Villems, David Comas, R. I. Sukernik, Mait Metspalu, Matthias Meyer, Evan E. Eichler, Joachim Bürger, Montgomery Slatkin, Svante Pääbo, Janet Kelso, David Reich, Johannes Krause

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueForensic and Genetic Research
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesEuropean Social FundTartu ÜlikoolMax-Planck-GesellschaftHungarian Scientific Research FundRussian Academy of SciencesEesti TeadusfondiEuropean CommissionRussian Foundation for Basic ResearchNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésDiversification (marketing strategy)GeographyGenomePopulationEuropean populationHuman migrationBiologyAncient DNAEvolutionary biologyDemographyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We sequenced genomes from a ∼7,000 year old early farmer from Stuttgart in Germany, an ∼8,000 year old hunter-gatherer from Luxembourg, and seven ∼8,000 year old hunter-gatherers from southern Sweden. We analyzed these data together with other ancient genomes and 2,345 contemporary humans to show that the great majority of present-day Europeans derive from at least three highly differentiated populations: West European Hunter-Gatherers (WHG), who contributed ancestry to all Europeans but not to Near Easterners; Ancient North Eurasians (ANE), who were most closely related to Upper Paleolithic Siberians and contributed to both Europeans and Near Easterners; and Early European Farmers (EEF), who were mainly of Near Eastern origin but also harbored WHG-related ancestry. We model these populations’ deep relationships and show that EEF had ∼44% ancestry from a “Basal Eurasian” lineage that split prior to the diversification of all other non-African lineages.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,663
Score d'incertitude au seuil0,801

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,266
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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