A Survey of Molecular Heterogeneity in Hepatocellular Carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Understanding the heterogeneity of dysregulated pathways associated with the development of hepatocellular carcinoma (HCC) may provide prognostic and therapeutic avenues for disease management. As HCC involves a complex process of genetic and epigenetic modifications, we evaluated expression of both polyadenylated transcripts and microRNAs from HCC and liver samples derived from two cohorts of patients undergoing either partial hepatic resection or liver transplantation. Copy number variants were inferred from whole genome low‐pass sequencing data, and a set of 56 cancer‐related genes were screened using an oncology panel assay. HCC was associated with marked transcriptional deregulation of hundreds of protein‐coding genes. In the partially resected livers, diminished transcriptional activity was observed in genes associated with drug catabolism and increased expression in genes related to inflammatory responses and cell proliferation. Moreover, several long noncoding RNAs and microRNAs not previously linked with HCC were found to be deregulated. In liver transplant recipients, down‐regulation of genes involved in energy production and up‐regulation of genes associated with glycolysis were detected. Numerous copy number variants events were observed, with hotspots on chromosomes 1 and 17. Amplifications were more common than deletions and spanned regions containing genes potentially involved in tumorigenesis. Colony stimulating factor 1 receptor ( CSF1R ), fibroblast growth factor receptor 3 ( FGFR3 ), fms‐like tyrosine kinase 3 ( FLT3 ), nucleolar phosphoprotein B23 ( NPM1 ), platelet‐derived growth factor receptor alpha polypeptide ( PDGFRA ), phosphatase and tensin homolog ( PTEN ), G‐protein‐coupled receptors‐like receptor Smoothened ( SMO ), and tumor protein P53 ( TP53 ) were mutated in all tumors; another 26 cancer‐related genes were mutated with variable penetrance. Conclusion : Our results underscore the marked molecular heterogeneity between HCC tumors and reinforce the notion that precision medicine approaches are needed for management of individual HCC. These data will serve as a resource to generate hypotheses for further research to improve our understanding of HCC biology. ( Hepatology Communications 2018; 00:000‐000)
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».