Genome-wide significant risk factors on chromosome 19 and the <i>APOE</i> locus
Notice bibliographique
Résumé
// Sonia Moreno-Grau 1 , Isabel Hernández 1 , Stefanie Heilmann-Heimbach 2, 3 , Susana Ruiz 1 , Maitée Rosende-Roca 1 , Ana Mauleón 1 , Liliana Vargas 1 , Octavio Rodríguez-Gómez 1 , Montserrat Alegret 1 , Ana Espinosa 1 , Gemma Ortega 1 , Nuria Aguilera 1 , Carla Abdelnour 1 , Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative * , Silvia Gil 1 , Wolfgang Maier 4, 5 , Oscar Sotolongo-Grau 1 , Lluís Tárraga 1 , Alfredo Ramirez 2, 4, 6 , Jesús López-Arrrieta 7 , Carmen Antúnez 8 , Manuel Serrano-Ríos 9 , Mercè Boada 1 and Agustín Ruiz 1 1 Research Center and Memory Clinic of Fundació ACE, Institut Català de Neurociències Aplicades, Univesitat Internacional de Catalunya, Barcelona, Spain 2 Institute of Human Genetics, University of Bonn, Bonn, Germany 3 Department of Genomics, Life & Brain Center, University of Bonn, Bonn, Germany 4 Department of Psychiatry and Psychotherapy, University of Bonn, Bonn, Germany 5 German Center for Neurodegenerative Diseases, DZNE, Bonn, Germany 6 Department of Psychiatry and Psychotherapy, University of Cologne, Cologne, Germany 7 Memory Unit, University Hospital La Paz-Cantoblanco, Madrid, Spain 8 Dementia Unit, University Hospital Virgen de la Arrixaca, Murcia, Spain 9 Centro de Investigación Biomédica en Red de Diabetes y Enfermedades Metabólicas Asociadas, CIBERDEM, Spain, Hospital Clínico San Carlos, Madrid, Spain * Data used in preparation of this article were obtained from the Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) database (adni.loni.usc.edu). As such, the investigators within the ADNI contributed to the design and implementation of ADNI and/or Provided data but did not participate in analysis or writing of this report Correspondence to: Agustín Ruiz, email: aruiz@fundacioace.com Keywords: late onset Alzheimer’s disease; ABCA7; APOE; CD33; linkage disequilibrium; Gerotarget Received: December 13, 2017 Accepted: March 22, 2018 Published: May 15, 2018 ABSTRACT The apolipoprotein E ( APOE ) gene on chromosome 19q13.32, was the first, and remains the strongest, genetic risk factor for Alzheimer’s disease (AD). Additional signals associated with AD have been located in chromosome 19, including ABCA7 (19p13.3) and CD33 (19q13.41). The ABCA7 gene has been replicated in most populations. However, the contribution to AD of other signals close to APOE gene remains controversial. Possible explanations for inconsistency between reports include long range linkage disequilibrium (LRLD). We analysed the contribution of ABCA7 and CD33 loci to AD risk and explore LRLD patterns across APOE region. To evaluate AD risk conferred by ABCA7 rs4147929:G>A and CD33 rs3865444:C>A, we used a large Spanish population (1796 AD cases, 2642 controls). The ABCA7 rs4147929:G>A SNP effect was nominally replicated in the Spanish cohort and reached genome-wide significance after meta-analysis (odds ratio (OR)=1.15, 95% confidence interval (95% CI)=1.12–1.19; P = 1.60 x 10 -19 ). CD33 rs3865444:C>A was not associated with AD in the dataset. The meta-analysis was also negative (OR=0.98, 95% CI=0.93–1.04; P =0.48). After exploring LRLD patterns between APOE and CD33 in several datasets, we found significant LD (D’ >0.20; P <0.030) between APOE -Ɛ2 and CD33 rs3865444C>A in two of five datasets, suggesting the presence of a non-universal long range interaction between these loci affecting to some populations. In conclusion, we provide here evidence of genetic association of the ABCA7 locus in the Spanish population and also propose a plausible explanation for the controversy on the contribution of CD33 to AD susceptibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».