Comparación de tres métodos genotípicos para la detección de resistencia del VIH-1 a los antirretrovirales
Notice bibliographique
Résumé
espanolCon la aparicion de nuevos antirretrovirales ha mejorado considerablemente la expectativa de vida de los pacientes infectados por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), pero mutaciones en la region que codifica la transcriptasa inversa (TI) y la proteasa (P) del VIH-1 pueden producir fallos en el tratamiento, por lo cual los estudios de resistencia pueden ser de utilidad para la seleccion del tratamiento mas eficaz. El objetivo de nuestro trabajo ha sido comparar tres metodos genotipicos de deteccion de resistencias para valorar cual puede resultar mas adecuado en el laboratorio. Se han estudiado un total de 90 pacientes tratados con antirretrovirales, mediante tres metodos diferentes: hibridacion reversa que identifica la presencia de virus salvaje o mutante en 19 codones clave para las regiones de transcriptasa inversa y proteasa, InnoLiPA HIV-1 (Line Probe Assay, Innogenetics, Belgica), y dos de secuenciacion, ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Perkin Elmer/Applied Biosystems, California) y TrueGene HIV-1 Genotyping System (Visible Genetics, Canada). Se detectaron 408 mutaciones por InnoLiPA, 572 por TrueGene y 721 por ViroSeq. La hibridacion detecto un numero significativamente superior de mutaciones primarias, asociadas con los grados de resistencia mas altos (p EnglishHighly active antiretroviral therapy has dramatically improved the life expectancy of human immunodeficiency virus (HIV)-infected patients, but mutations in the HIV-1 reverse transcriptase (RT) and protease (P) genes confer drug failure. Evaluation of drug resistance genotyping in HIV-1 has proven to be useful for the selection of drug combinations with maximum antiretroviral activity. The aim of this study was to evaluate the optimal procedure to determine the resistance profile in the laboratory. Plasma from 90 antiretroviral-treated patients was analyzed by reverse hybridization, which identifies the presence of wild-types or mutations at the 19 key codons for protease and RT regions, and was compared with two other methods of direct cDNA sequencing. A total of 408 mutations were detected by InnoLiPA HIV-1, (Line Probe Assay, Innogenetics, Belgium), 572 by TrueGene HIV-1 Genotyping System (Visible Genetics, Canada), and 721 by ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Perkin Elmer/Applied Biosystems, California). Hybridization detected a significantly higher number of primary mutations which are associated with a high level of drug resistance (p
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».