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Enregistrement W2827643900 · doi:10.1038/s41525-018-0057-4

Responsible sharing of biomedical data and biospecimens via the “Automatable Discovery and Access Matrix” (ADA-M)

2018· review· en· W2827643900 sur OpenAlex
Jessica Woolley, Emily Kirby, Josh Leslie, Francis Jeanson, Moran N. Cabili, Gregory T. Rushton, James G. Hazard, Vagelis Ladas, Colin Veal, Spencer Gibson, Anne-Marie Tassé, Stephanie O. M. Dyke, Clara Gaff, Adrian Thorogood, Bartha Maria Knoppers, John Wilbanks, Anthony J. Brookes

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

Revuenpj Genomic Medicine · 2018
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueEthics in Clinical Research
Établissements canadiensMcGill UniversityCentre for Social InnovationMcGill University and Génome Québec Innovation Centre
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of OxfordGovernment of CanadaGenome Canada
Mots-clésComputer scienceBiobankDocumentationMetadataData sharingSoftware versioningStewardship (theology)Application programming interfaceWorld Wide WebData accessSoftwareData scienceDatabase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Given the data-rich nature of modern biomedical research, there is a pressing need for a systematic, structured, computer-readable way to capture, communicate, and manage sharing rules that apply to biomedical resources. This is essential for responsible recording, versioning, communication, querying, and actioning of resource sharing plans. However, lack of a common "information model" for rules and conditions that govern the sharing of materials, methods, software, data, and knowledge creates a fundamental barrier. Without this, it can be virtually impossible for Research Ethics Committees (RECs), Institutional Review Boards (IRBs), Data Access Committees (DACs), biobanks, and end users to confidently track, manage, and interpret applicable legal and ethical requirements. This raises costs and burdens of data stewardship and decreases efficient and responsible access to data, biospecimens, and other resources. To address this, the GA4GH and IRDiRC organizations sponsored the creation of the Automatable Discovery and Access Matrix (ADA-M, read simply as "Adam"). ADA-M is a comprehensive information model that provides the basis for producing structured metadata "Profiles" of regulatory conditions, thereby enabling efficient application of those conditions across regulatory spheres. Widespread use of ADA-M will aid researchers in globally searching and prescreening potential data and/or biospecimen resources for compatibility with their research plans in a responsible and efficient manner, increasing likelihood of timely DAC approvals while also significantly reducing time and effort DACs, RECs, and IRBs spend evaluating resource requests and research proposals. Extensive online documentation, software support, video guides, and an Application Programming Interface (API) for ADA-M have been made available.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,014
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,013
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Méta-épidémiologie (sens strict), Études des sciences et des technologies, Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,887
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0140,013
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,004
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,006
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,659
Tête enseignante GPT0,633
Écart entre enseignants0,027 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle