Nucleoporin 107, 62 and 153 mediate Kcnq1ot1 imprinted domain regulation in extraembryonic endoderm stem cells
Notice bibliographique
Résumé
Genomic imprinting is a phenomenon that restricts transcription to predominantly one parental allele. How this transcriptional duality is regulated is poorly understood. Here we perform an RNA interference screen for epigenetic factors involved in paternal allelic silencing at the Kcnq1ot1 imprinted domain in mouse extraembryonic endoderm stem cells. Multiple factors are identified, including nucleoporin 107 (NUP107). To determine NUP107's role and specificity in Kcnq1ot1 imprinted domain regulation, we deplete Nup107, as well as Nup62, Nup98/96 and Nup153. Nup107, Nup62 and Nup153, but not Nup98/96 depletion, reduce Kcnq1ot1 noncoding RNA volume, displace the Kcnq1ot1 domain from the nuclear periphery, reactivate a subset of normally silent paternal alleles in the domain, alter histone modifications with concomitant changes in KMT2A, EZH2 and EHMT2 occupancy, as well as reduce cohesin interactions at the Kcnq1ot1 imprinting control region. Our results establish an important role for specific nucleoporins in mediating Kcnq1ot1 imprinted domain regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».