An internally quenched peptide as a new model substrate for rhomboid intramembrane proteases
Notice bibliographique
Résumé
Rhomboids are ubiquitous intramembrane serine proteases that cleave transmembrane substrates. Their functions include growth factor signaling, mitochondrial homeostasis, and parasite invasion. A recent study revealed that the Escherichia coli rhomboid protease EcGlpG is essential for its extraintestinal pathogenic colonization within the gut. Crystal structures of EcGlpG and the Haemophilus influenzae rhomboid protease HiGlpG have deciphered an active site that is buried within the lipid bilayer but exposed to the aqueous environment via a cavity at the periplasmic face. A lack of physiological transmembrane substrates has hampered progression for understanding their catalytic mechanism and screening inhibitor libraries. To identify a soluble substrate for use in the study of rhomboid proteases, an array of internally quenched peptides were assayed with HiGlpG, EcGlpG and PsAarA from Providencia stuartti. One substrate was identified that was cleaved by all three rhomboid proteases, with HiGlpG having the highest cleavage efficiency. Mass spectrometry analysis determined that all enzymes hydrolyze this substrate between norvaline and tryptophan. Kinetic analysis in both detergent and bicellular systems demonstrated that this substrate can be cleaved in solution and in the lipid environment. The substrate was subsequently used to screen a panel of benzoxazin-4-one inhibitors to validate its use in inhibitor discovery.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».