Metaproteomics reveals associations between microbiome and intestinal extracellular vesicle proteins in pediatric inflammatory bowel disease

2018· article· en· 270 citations· W2883427056 sur OpenAlex· 10.1038/s41467-018-05357-4

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Prédiction distillée sur la base complète

Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

Catégories candidates: aucune
Catégories consensuelles: aucune
Domaine: Signal candidat: aucuneSignal consensuel: aucune
Devis d'étude: Signal candidat: ObservationnelSignal consensuel: Observationnel
Genre: Signal candidat: EmpiriqueSignal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants: 0,297
Score d'incertitude au seuil: 0,847
Statut de validation: machine_predicted_unvalidated · codex-gemma-dda1882f352a

Scores Codex et Gemma par catégorie

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,001	0,001
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,000	0,000
Méta-épidémiologie (sens large)	0,000	0,000
Bibliométrie	0,000	0,000
Études des sciences et des technologies	0,000	0,000
Communication savante	0,000	0,000
Science ouverte	0,001	0,001
Intégrité de la recherche	0,000	0,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,000	0,000

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,013

Tête enseignante GPT0,276

Écart entre enseignants: 0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

Alterations in gut microbiota have been implicated in the pathogenesis of inflammatory bowel disease (IBD), however factors that mediate the host-microbiota interactions remain largely unknown. Here we collected mucosal-luminal interface samples from a pediatric IBD inception cohort and characterized both the human and microbiota proteins using metaproteomics. We show that microbial proteins related to oxidative stress responses are upregulated in IBD cases compared to controls. In particular, we demonstrate that the expression of human proteins related to oxidative antimicrobial activities is increased in IBD cases and correlates with the alteration of microbial functions. Additionally, we reveal that many of these human proteins are present and show altered abundance in isolated free extracellular vesicles (EVs). Therefore, our study suggests that the alteration of intestinal EV proteomes is associated with the aberrant host-microbiota interactions in IBD.

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La notice

Revue: Nature Communications
Thématique: Extracellular vesicles in disease
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: Canadian Institute for Advanced ResearchChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of Ottawa
Organismes subventionnaires: Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMinistero dello Sviluppo EconomicoCrohn's and Colitis CanadaGovernment of CanadaOntario Ministry of Economic Development and InnovationCanadian Institutes of Health ResearchGenome Canada
Mots-clés: MetaproteomicsProteomeInflammatory bowel diseaseMicrobiomeBiologyImmunologyPathogenesisHuman microbiomeGut floraProteomicsMicrobiologyExtracellularDiseaseExtracellular vesiclesCell biologyBioinformaticsMedicineGeneticsPathologyGene
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