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Enregistrement W2883446778 · doi:10.1080/1343943x.2018.1488539

Development and validation of a GC–MS method for soybean organ-specific metabolomics

2018· article· en· W2883446778 sur OpenAlexaff
Baoyu Hu, Caiqiong Yang, Nasır Iqbal, Juncai Deng, Jing Zhang, Wenyu Yang, Jiang Liu

Notice bibliographique

RevuePlant Production Science · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensMinistry of Agriculture
Organismes subventionnairesChina Postdoctoral Science Foundation
Mots-clésMetabolomicsGas chromatography–mass spectrometryBiologyComputational biologyChromatographyChemistryMass spectrometry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Field mold (FM) can easily deteriorate the preharvest soybean in the field, and Fusarium moniliforme is demonstrated as the dominant pathogenic fungi. Metabolomics is a powerful tool to reveal the resistance mechanism in response to microbial infection. Therefore, in this research, the Design of Experiment (DOE) model was developed to optimize the extraction solvent combinations for metabolomic study of soybean seed and pod based on gas chromatography–mass spectrometry (GC–MS). Combined with the number of extracted peaks and the peak area of common substances, the extraction efficiency of different solvent was analyzed by multivariate statistical analysis. The result showed that isopropanol/water/methanol (1:1:1 and 1:1:4, v/v/v) mixture was highly efficient for metabolites extractions of soybean seed and pod, respectively. Additionally, the potential metabolites and pathways concerned in FM resistance were explored by the optimized extraction solvent system based on metabolomics analysis. Amino acid metabolism in soybean seed was disturbed by F. moniliforme and metabolic pathways related to energy conversion in soybean pod strongly responded to fungal infection. This study constructs a GC–MS-based metabonomic method for soybean metabolites; comparative analysis of organ-specific metabolomics for soybean fruit could be further applied in soybean metabolomics researches.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,109
Score d'incertitude au seuil0,230

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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