Reference library for targeted SNP-based identification of Cibotium barometz using Next Generation Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Cibotium is a genus of tropical tree ferns with a highly debated species count. One species in particular, Cibotium barometz, also known as the golden chicken fern or woolly fern, attracts much attention and is listed in CITES Appendix II. The species is native to China and to the western part of the Malay Peninsula. Traditional Chinese medicine values its anti-inflammatory, anti-rheumatic, tonic, styptic, antibacterial, antioxidant and anti-osteoporotic properties. There are no reports of C. barometz being cultivated in China thus all material is wild-sourced. Due to lack of export regulations, over 500 tons of dry rhizomes of C. barometz were exported from China in 1993 – 1997. In 2001, the annual quota for export from China was limited to 130 tons. High demand and CITES export permit requirements drive frequent mislabeling and false custom declaration attempts. Lack of clear diagnostic traits requires molecular-based tools for identification of dried C. barometz rhizomes. We used partial sequence data in GenBank to screen five regions: rps4 (ribosomal protein S4), atpA (ATP synthase alpha chain), intergeneric spacers trnG-trnR, rps4-trnS, and rbcL-atpB. We designed seven primer pairs targeting species-specific SNPs distinguishing C. barometz from closely related C. cumingii and other congeners. Reference library for these five markers was generated from decades-old herbarium material obtained from the UBC herbarium for eight species of Cibotium. The combination of five DNA markers distinguishes C. barometz from congeneric species, including its sister taxon C. cumingii. The resulting reference library linked to herbarium vouchers is applicable for regulatory purposes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Expérimental (laboratoire) | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Jeu de données Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Autre devis | low |
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Les modèles divergent sur des parties de cette classification; chaque voix est préservée dans la section en fin de page.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».