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Enregistrement W2883674070 · doi:10.1172/jci.insight.121086

Germline SAMD9 and SAMD9L mutations are associated with extensive genetic evolution and diverse hematologic outcomes

2018· article· en· W2883674070 sur OpenAlexaff
Jasmine C. Wong, Victoria Bryant, Tamara Lamprecht, Jing Ma, Michael P. Walsh, Jason R. Schwartz, Maria del pilar Alzamora, Charles G. Mullighan, Mignon L. Loh, Raul C. Ribeiro, James R. Downing, William L. Carroll, Jeffrey Davis, Stuart Gold, Paul Rogers, Sara J. Israels, Rochelle Yanofsky, Kevin Shannon, Jeffery M. Klco

Notice bibliographique

RevueJCI Insight · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAcute Myeloid Leukemia Research
Établissements canadiensUniversity of ManitobaChildren's Hospital Research Institute of ManitobaBC Children's HospitalManitoba HealthUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteV Foundation for Cancer ResearchBurroughs Wellcome FundAmerican Cancer Society
Mots-clésMonosomyChromosome 7 (human)GermlineMyeloid leukemiaGermline mutationMyeloidMutationSomatic evolution in cancerBone marrowLeukemiaCancer researchMedicineBiologyGeneticsCancerImmunologyChromosomeGeneKaryotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Germline SAMD9 and SAMD9L mutations cause a spectrum of multisystem disorders that carry a markedly increased risk of developing myeloid malignancies with somatic monosomy 7. Here, we describe 16 siblings, the majority of which were phenotypically normal, from 5 families diagnosed with myelodysplasia and leukemia syndrome with monosomy 7 (MLSM7; OMIM 252270) who primarily had onset of hematologic abnormalities during the first decade of life. Molecular analyses uncovered germline SAMD9L (n = 4) or SAMD9 (n = 1) mutations in these families. Affected individuals had a highly variable clinical course that ranged from mild and transient dyspoietic changes in the bone marrow to a rapid progression of myelodysplastic syndrome (MDS) or acute myeloid leukemia (AML) with monosomy 7. Expression of these gain-of-function SAMD9 and SAMD9L mutations reduces cell cycle progression, and deep sequencing demonstrated selective pressure favoring the outgrowth of clones that have either lost the mutant allele or acquired revertant mutations. The myeloid malignancies of affected siblings acquired cooperating mutations in genes that are also altered in sporadic cases of AML characterized by monosomy 7. These data have implications for understanding how SAMD9 and SAMD9L mutations contribute to myeloid transformation and for recognizing, counseling, and treating affected families.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,294
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations111
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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