Comparison of DNA methylation measured by Illumina 450K and EPIC BeadChips in blood of newborns and 14-year-old children
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Analysis of DNA methylation helps to understand the effects of environmental exposures as well as the role of epigenetics in human health. Illumina, Inc. recently replaced the HumanMethylation450 BeadChip (450K) with the EPIC BeadChip, which nearly doubles the measured CpG sites to >850,000. Although the new chip uses the same underlying technology, it is important to establish if data between the two platforms are comparable within cohorts and for meta-analyses. DNA methylation was assessed by 450K and EPIC using whole blood from newborn (n = 109) and 14-year-old (n = 86) participants of the Center for the Health Assessment of Mothers and Children of Salinas. The overall per-sample correlations were very high (r >0.99), although many individual CpG sites, especially those with low variance of methylation, had lower correlations (median r = 0.24). There was also a small subset of CpGs with large mean methylation β-value differences between platforms, in both the newborn and 14-year datasets. However, estimates of cell type proportion prediction by 450K and EPIC were highly correlated at both ages. Finally, differentially methylated positions between boys and girls replicated very well by both platforms in newborns and older children. These findings are encouraging for application of combined data from EPIC and 450K platforms for birth cohorts and other population studies. These data in children corroborate recent comparisons of the two BeadChips in adults and in cancer cell lines. However, researchers should be cautious when characterizing individual CpG sites and consider independent methods for validation of significant hits.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle