Chemoenzymatic macrocycle synthesis using resorcylic acid lactone thioesterase domains
Notice bibliographique
Résumé
A key missing tool in the chemist's toolbox is an effective biocatalyst for macrocyclization. Macrocycles limit the conformational flexibility of small molecules, often improving their ability to bind selectively and with high affinity to a target, making them a privileged structure in drug discovery. Macrocyclic natural product biosynthesis offers an obvious starting point for biocatalyst discovery via the native macrocycle forming biosynthetic mechanism. Herein we demonstrate that the thioesterase domains (TEs) responsible for macrocyclization of resorcylic acid lactones are promising catalysts for the chemoenzymatic synthesis of 12- to 18-member ring macrolactones and macrolactams. The TE domains responsible for zearalenone and radicicol biosynthesis successfully generate resorcylate-like 12- to 18-member macrolactones and a 14-member macrolactam. In addition these enzymes can also macrolactonize a non-resorcylate containing depsipeptide, suggesting they are versatile biocatalysts. Simple saturated omega-hydroxy acyl chains are not macrocyclized, nor are the alpha-beta unsaturated derivatives, clearly outlining the scope of the substrate tolerance. These data dramatically expand our understanding of substrate tolerance of these enzymes and are consistent with our understanding of the role of TEs in iterative polyketide biosynthesis. In addition this work shows these TEs to be the most substrate tolerant polyketide macrocyclizing enzymes known, accessing resorcylate lactone and lactams as well as cyclicdepsipeptides, which are highly biologically relevant frameworks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».