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Enregistrement W2884117406 · doi:10.1182/blood-2018-02-831347

DNA methylation age is associated with an altered hemostatic profile in a multiethnic meta-analysis

2018· review· en· W2884117406 sur OpenAlexaff
Cavin Ward‐Caviness, Jennifer E. Huffman, Karl Everett, Marine Germain, Jenny van Dongen, W. David Hill, Min A. Jhun, Jennifer A. Brody, Mohsen Ghanbari, Lei Du, Nicholas S. Roetker, Paul S. de Vries, Mélanie Waldenberger, Christian Gieger, Wolf Petra, Holger Prokisch, Wolfgang Köenig, Christopher J. O’Donnell, Daniel Levy, Chunyu Liu, Vinh Trương, Philip S. Wells, David‐Alexandre Trégouët, Weihong Tang, Alanna C. Morrison, Eric Boerwinkle, Kerri L. Wiggins, Barbara McKnight, Xiuqing Guo, Bruce M. Psaty, Nona Sotoodehnia, Dorret I. Boomsma, Gonneke Willemsen, Lannie Ligthart, Ian J. Deary, Wei Zhao, Erin B. Ware, Sharon L.R. Kardia, Joyce B. J. van Meurs, André G. Uitterlinden, Oscar H. Franco, Per Eriksson, Anders Franco‐Cereceda, James S. Pankow, Andrew D. Johnson, France Gagnon, Pierre‐Emmanuel Morange, Eco J. C. de Geus, John M. Starr, Jennifer A. Smith, Abbas Dehghan, Hanna M. Björck, Nicholas L. Smith, Annette Peters

Notice bibliographique

RevueBlood · 2018
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensOttawa HospitalUniversity of OttawaPublic Health OntarioUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesHjärt-LungfondenNational Institute on AgingNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilMedical Research CouncilNational Institutes of HealthNational Heart, Lung, and Blood InstituteVetenskapsrådetNational Center for Advancing Translational SciencesAgence Nationale de la RechercheNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekFondation Leducq
Mots-clésEpigeneticsMeta-analysisDNA methylationConfidence intervalFibrinogenBioinformaticsMedicineHemostasisGeneticsBiologyOncologyInternal medicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Many hemostatic factors are associated with age and age-related diseases; however, much remains unknown about the biological mechanisms linking aging and hemostatic factors. DNA methylation is a novel means by which to assess epigenetic aging, which is a measure of age and the aging processes as determined by altered epigenetic states. We used a meta-analysis approach to examine the association between measures of epigenetic aging and hemostatic factors, as well as a clotting time measure. For fibrinogen, we performed European and African ancestry–specific meta-analyses which were then combined via a random effects meta-analysis. For all other measures we could not estimate ancestry-specific effects and used a single fixed effects meta-analysis. We found that 1-year higher extrinsic epigenetic age as compared with chronological age was associated with higher fibrinogen (0.004 g/L/y; 95% confidence interval, 0.001-0.007; P = .01) and plasminogen activator inhibitor 1 (PAI-1; 0.13 U/mL/y; 95% confidence interval, 0.07-0.20; P = 6.6 × 10−5) concentrations, as well as lower activated partial thromboplastin time, a measure of clotting time. We replicated PAI-1 associations using an independent cohort. To further elucidate potential functional mechanisms, we associated epigenetic aging with expression levels of the PAI-1 protein encoding gene (SERPINE1) and the 3 fibrinogen subunit-encoding genes (FGA, FGG, and FGB) in both peripheral blood and aorta intima-media samples. We observed associations between accelerated epigenetic aging and transcription of FGG in both tissues. Collectively, our results indicate that accelerated epigenetic aging is associated with a procoagulation hemostatic profile, and that epigenetic aging may regulate hemostasis in part via gene transcription.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,028

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,017
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,103
Tête enseignante GPT0,358
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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