Whole Exome Sequencing in Early-onset Systemic Lupus Erythematosus
Notice bibliographique
Résumé
Objective. Systemic lupus erythematosus (SLE) is a multisystem autoimmune disorder. Early-onset, familial, and/or syndromic SLE may reveal monogenic pathologies. The aim of this study was to examine genetic associations in patients with early-onset or familial SLE. Methods. We enrolled 7 SLE cases (from different families) with disease onset ≤ 5 years of age and family history consistent with an autosomal recessive inheritance. Whole exome sequencing (WES) was performed in 6 index cases. Suspected variants were confirmed by Sanger sequencing. We did not perform WES in 1 patient who had features similar to the first 3 cases; only the exons ofC1QA, C1QB,andC1QCwere screened with Sanger sequencing. Results. We demonstrated 2 novel and 3 previously reported variants in genes associated with SLE: a homozygous non-sense alteration (c.622C>T/p.Gln208Ter) inC1QAin 2 patients; homozygous non-sense alteration (c.79C>T/p.Gln27Ter) inC1QCin 1 (novel variant); homozygous missense alteration (c.100G>A/p.Gly34Arg) inC1QCin 1; homozygous missense alteration (c.1945G>C/p.Ala649Pro) inC1Sin 1 (novel variant); and homozygous frameshift alteration (c.289_290delAC/p.Thr97Ilefs*2) inDNASE1L3in 1 patient. Further, in 1 patient, we determined a strong candidate variant inHDAC7(histone decetylase 7). Conclusion. Five patients had homozygous alterations in genes coding early complement proteins. This may lead to decreased clearance of apoptotic bodies. One patient hadDNASE1L3variant, which functions in the clearance of self-antigens. In 1 patient, we determined a novel gene that may be important in SLE pathogenesis. We suggest that monogenic causes/associations should be sought in early-onset and/or familial SLE.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».