Capturing variation in <i>Lens</i> (Fabaceae): Development and utility of an exome capture array for lentil
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Notice bibliographique
Résumé
Premise of the Study Lentil is an important legume crop with reduced genetic diversity caused by domestication bottlenecks. Due to its large and complex genome, tools for reduced representation sequencing are needed. We developed an exome capture array for use in various genetic diversity studies. Methods Based on the CDC Redberry draft genome, we developed an exome capture array using multiple sources of transcript resources. The probes were designed to target not only the cultivated lentil, but also wild species. We assessed the utility of the developed method by applying the generated data set to population structure and phylogenetic analyses. Results The data set includes 16 wild lentils and 22 cultivar accessions of lentil. Alignment rates were over 90%, and the genic regions were well represented in the capture array. After stringent filtering, 6.5 million high‐quality variants were called, and the data set was used to assess the interspecific relationships within the genus Lens . Discussion The developed exome capture array provides large amounts of genomic data to be used in many downstream analyses. The method will have useful applications in marker‐assisted breeding programs aiming to improve the quality of cultivated lentil.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle