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Enregistrement W2884622219 · doi:10.1039/c7np00064b

The value of universally available raw NMR data for transparency, reproducibility, and integrity in natural product research

2018· review· en· W2884622219 sur OpenAlexaff
James B. McAlpine, Shao‐Nong Chen, Andrei G. Kutateladze, John B. MacMillan, Giovanni Appendino, Andersson Barison, Mehdi A. Beniddir, Maique W. Biavatti, Stefan Blüml, Asmaa Boufridi, Mark S. Butler, Robert J. Capon, Young Hae Choi, David Coppage, Phillip Crews, Michael T. Crimmins, Marie Csete, Pradeep Dewapriya, Joseph M. Egan, Mary J. Garson, Grégory Genta‐Jouve, William H. Gerwick, Harald Gross, Mary Kay Harper, Precilia Hermanto, James M. Hook, Luke Hunter, Damien Jeannerat, Nai‐Yun Ji, Tyler A. Johnson, David G. I. Kingston, Hiroyuki Koshino, Hsiau‐Wei Lee, Guy Lewin, Jie Li, Roger G. Linington, Miaomiao Liu, Kerry L. McPhail, Tadeusz F. Molinski, Bradley S. Moore, Joo‐Won Nam, Ram P. Neupane, Matthias Niemitz, Jean‐Marc Nuzillard, Nicholas H. Oberlies, Fernanda Maria Marins Ocampos, Guohui Pan, Ronald J. Quinn, D. Sai Reddy, Jean‐Hugues Renault, José Rivera‐Chávez, Wolfgang Robien, Carla M. Saunders, Thomas J. Schmidt, Christoph Seger, Ben Shen, Christoph Steinbeck, Hermann Stuppner, Sonja Sturm, Orazio Taglialatela‐Scafati, Dean J. Tantillo, Robert Verpoorte, Bin‐Gui Wang, Craig M. Williams, Philip G. Williams, Julien Wist, Jian‐Min Yue, Chen Zhang, Zhengren Xu, Charlotte Simmler, David C. Lankin, Jonathan Bisson, Guido F. Pauli

Notice bibliographique

RevueNatural Product Reports · 2018
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensBurnaby HospitalSimon Fraser University
Organismes subventionnairesNational Center for Complementary and Integrative HealthNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of Health
Mots-clésTransparency (behavior)ReproducibilityRaw dataResearch integrityNatural productBiochemical engineeringComputer scienceChemistryChromatographyEngineering ethicsEngineeringStereochemistryComputer security

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Covering: up to 2018With contributions from the global natural product (NP) research community, and continuing the Raw Data Initiative, this review collects a comprehensive demonstration of the immense scientific value of disseminating raw nuclear magnetic resonance (NMR) data, independently of, and in parallel with, classical publishing outlets. A comprehensive compilation of historic to present-day cases as well as contemporary and future applications show that addressing the urgent need for a repository of publicly accessible raw NMR data has the potential to transform natural products (NPs) and associated fields of chemical and biomedical research. The call for advancing open sharing mechanisms for raw data is intended to enhance the transparency of experimental protocols, augment the reproducibility of reported outcomes, including biological studies, become a regular component of responsible research, and thereby enrich the integrity of NP research and related fields.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,993
Score d'incertitude au seuil0,038

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0040,004
Études des sciences et des technologies0,0010,003
Communication savante0,0040,004
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,130
Tête enseignante GPT0,409
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
DomaineReproductibilité
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations120
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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