Interaction of the human erythrocyte Band 3 anion exchanger 1 (AE1, SLC4A1) with lipids and glycophorin A: Molecular organization of the Wright (Wr) blood group antigen
Notice bibliographique
Résumé
The Band 3 (AE1, SLC4A1) membrane protein is found in red blood cells and in kidney where it functions as an electro-neutral chloride/bicarbonate exchanger.In this study, we have used molecular dynamics simulations to provide the first realistic model of the dimeric membrane domain of human Band 3 in an asymmetric lipid bilayer containing a full complement of phospholipids, including phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP 2 ) and cholesterol, and its partner membrane protein Glycophorin A (GPA).The simulations show that the annular layer in the inner leaflet surrounding Band 3 was enriched in phosphatidylserine and PIP 2 molecules.Cholesterol was also enriched around Band 3 but also at the dimer interface.The interaction of these lipids with specific sites on Band 3 may play a role in the folding and function of this anion transport membrane protein.GPA associates with Band 3 to form the Wright (Wr) blood group antigen, an interaction that involves an ionic bond between Glu658 in Band 3 and Arg61 in GPA.We were able to recreate this complex by performing simulations to allow the dimeric transmembrane portion of GPA to interact with Band 3 in a model membrane.Large-scale simulations showed that the GPA dimer can bridge Band 3 dimers resulting in the dynamic formation of long strands of alternating Band 3 and GPA dimers. Author summaryHuman Band 3 (AE1, SLC4A1), an abundant 911 amino acid glycoprotein, catalyzes the exchange of bicarbonate and chloride across the red blood cell membrane, a process necessary for efficient respiration.Malfunction of Band 3 leads to inherited diseases such as Southeast Asian Ovalocytosis, hereditary spherocytosis and distal renal tubular acidosis.Despite much available structural and functional data about Band 3, key questions about the conformational changes associated with transport and the molecular details of its interaction with lipids and other proteins remain unanswered.In this study, we have used
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».