Evaluation of Oxford Nanopore’s MinION Sequencing Device for Microbial Whole Genome Sequencing Applications
Notice bibliographique
Résumé
The MinION sequencer (Oxford Nanopore Technologies) is a paradigm shifting device allowing rapid, real time long read sequencing of nucleic acids. Yet external benchmarking of this technologies' capabilities has not been extensively reported, nor has thorough evaluation of its utility for field-based analysis with sub-optimal sample types been described. The aim of this study was to evaluate the capability of the MinION sequencer for bacterial genomic and metagenomic applications, with specific emphasis placed on the quality, yield, and accuracy of generated sequence data. Two independent laboratories at the National Microbiology Laboratory (Public Health Agency of Canada), sequenced a set of microbes in replicate, using the currently available flowcells, sequencing chemistries, and software available at the time of the experiment. Overall sequencing yield and quality improved through the course of this set of experiments. Sequencing alignment accuracy was high reaching 97% for all 2D experiments, though was slightly lower for 1D sequencing (94%). 1D sequencing provided much longer sequences than 2D. Both sequencing chemistries performed equally well in constructing genomic assemblies. There was evidence of barcode cross-over using both the native and PCR barcoding methods. Despite the sub-optimal nature of samples sequenced in the field, sequences attributable to B. anthracis the target organism used in this scenario, could none-the-less be detected. Together, this report showcases the rapid advancement in this technology and its utility in the context of genomic sequencing of microbial isolates of importance to public health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».