Abstract 4327: The epigenetic effects of benzo[<i>a</i>]pyrene exposure
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are ubiquitous environmental carcinogens formed from the incomplete combustion of organic materials. Exposure to PAHs can be linked to at least 9 different cancer types, including lung and breast cancer. PAH are genotoxic and can form DNA adducts which can either be repaired or lead to mutations. DNA repair can lead to aberrant DNA methylation, however, few studies have investigated the link between PAH exposure and DNA methylation modifications. Here, we have used a mouse model to investigate the epigenetic consequences of PAH exposure. Mice (n=3/group) were treated by oral gavage with 0, 25, 50 and 75 mg/kg bodyweight/day of benzo[a]pyrene (BaP) for 28 days. Lung DNA from these mice was used to prepare Reduced Representation Bisulphite Sequencing (RRBS) libraries which were then sequenced using Illumina HiSeq2500to an average depth of 25x. For each mouse, DNA methylation was averaged over 500 bp tiled windows and differentially methylated regions (DMRs) were identified by comparing the controls (untreated) with all BaP-exposed mice (treated) irrespective of dose. In the treated vs untreated we identified 1815 windows (>25% methylation difference, p<0.05). Of these, we found that DMRs were under-represented in 5' untranslated regions (UTR), promoter, long interspersed nuclear elements (LINEs) regions and CpG islands compared with the genomic distribution of windows. DMRs were found to occur significantly more frequently in transcription termination regions. In addition, we found significantly more hypomethylation events in exon, intergenic, intronic and promoter regions, long terminal repeats (LTR) and short interspersed nuclear elements (SINE) and more hypermethylation in LINEs. Pyrosequencing validation on a selection of these DMRs is ongoing, using DNA from the same mice used in RRBS, plus mice exposed to BaP and other PAHs in lung and other tissues. In summary, these results show that PAHs have an effect on DNA methylation, and that these changes happen mostly within the gene body or intergenically, with significantly less differences observed at traditional gene expression regulators such as promoters. This implies that the DNA methylation changes effected by BaP exposure may serve another purpose other than gene expression regulation. Citation Format: Francesca Galea, Paul A. White, Volker M. Arlt, Paolo Vineis, James M. Flanagan. The epigenetic effects of benzo[a]pyrene exposure [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018; 2018 Apr 14-18; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(13 Suppl):Abstract nr 4327.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».