Molecular Dynamics Simulations on Nucleic Acid Binding Polymers Designed To Arrest Thrombosis
Notice bibliographique
Résumé
Cancer-associated thrombosis is managed by the administration of anticoagulants and antithrombotic agents that have a high risk of inducing hemorrhagic complications. To develop safer strategies for antithrombotic therapy, in vivo activators of the intrinsic pathway, namely, cell-free nucleic acids (DNA and RNA) have been targeted with cationic, polyamine-based polymers. The cytotoxicity of the highly cationic polymers is a major drawback for their practical use, and biocompatible alternatives are in high demand. In this study, we carried out all-atom molecular dynamics simulations to systematically examine the DNA binding of polyamine-poly(ethylene glycol) (PEG) diblock polymers designed from biocompatible building blocks to inhibit the procoagulant activity of DNA. The differences in cationic charge, PEG chain length, and initial conformations of the polymers resulted in marked differences in their binding to DNA. We found that having an exposed cationic polyamine group is essential to polymer-DNA binding and a certain level of electrostatic interactions is necessary to maintain the bound state. Intrachain associations between the polyamine groups and PEG chains in some cases have led to a collapsed state of the polymer that precludes binding to DNA. This self-association is mainly due to a strong hydrogen bond between polymer polyamine and PEG groups and partly due to a partially charged semibranched polyamine group architecture. As polymer "masking" of DNA is thought to arrest DNA's prothrombotic activity, our findings highlight the desired structural features of the polymers for stronger DNA binding and provide insights into the design of novel antithrombotic agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».