Abstract 367: Methods to enhance the optical resolution for 3D-SIM for the study of Hodgkin's lymphoma nuclei
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In spite of a great deal of knowledge already available, the precise higher order organization of chromatin is still a subject of an debate. Moreover, cancerous cells have an altered chromatin organization in comparison to their healthy counterparts. This is also the case for Hodgkin's lymphoma (HL) - a lymphoid malignancy of B cell origin. HL comprises two cell types, the Hodgkin cells and the diagnostic bi- or multinucleated Reed-Sternberg (RS) cells readily distinguishable from healthy lymphocytes. Patient stratitifcation has been proposed through the quantitative analysis of 3D nuclear telomere organization. With the advent of super resolution microscopy (SRM), further insights into the spatial organization of the cancer genome become feasible. This includes the study of chromatin arrangement with SRM. However, its application to HL remains limited due to technical difficulties: HL cells display thickness of >10µm resulting in light scattering and decreased signal-to-noise ratio. Structured Illumination Microscopy (SIM, a SRM type) in particular has advanced studies of the sub-cellular structures. It relies on projection of excitation pattern on to a fluorescently labeled sample. Sample's information is then shifted to a detectable band doubling the 3D resolution. Sample's refractive index homogeneity and counteracting photo-bleaching are both crucial for maintenance of the sharp illumination pattern and high-quality SIM, particularly in thick samples. Nevertheless, sample mounting media for SIM have not undergone a significant evolution since almost a decade. By identification and systematic comparison of non-hazardous components of mounting media we demonstrate increased sample's transparency and consequently improved SIM-quality. Using these novel sample clearing protocols we demonstrate high-resolution chromatin organization at ~120nm level in large RS cells of HL cell lines and in patient samples compared to lymphocytes. This work is of relevance of identification of new diagnostic structural biomarkers for HL. Citation Format: Aleksander T. Szczurek, Fabio Contu, Roberta Vanni, Hans Knecht, Nathalie Johnson, Tina Haliotis, Sabine Mai. Methods to enhance the optical resolution for 3D-SIM for the study of Hodgkin's lymphoma nuclei [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018; 2018 Apr 14-18; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(13 Suppl):Abstract nr 367.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,018 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».