Reduction of Background Generated from Template-Template Hybridizations in the Exponential Amplification Reaction
Notice bibliographique
Résumé
The Exponential Amplification Reaction (EXPAR) enables isothermal amplification of nucleic acids. However, applications of EXPAR for the amplification of trace amounts of nucleic acids are hindered by high background. The mechanism of background generation is currently not well understood, although it is assumed to involve nonspecific extension of EXPAR templates by DNA polymerase. We present here a study of the mechanisms of triggering EXPAR background amplification. We show that interactions of EXPAR templates lead to background amplification via polymerase extension of the templates. We further designed and tested two strategies to minimize background amplification: blocking of the 3'-end of the template and sequence-independent weakening of the template-template interactions. Sequence-specific 3'-end blocking showed reduced background, suggesting that 3'-end template interactions are a contributing factor to background amplification. Sequence-independent binding of the whole EXPAR template substantially reduced background amplification by competing with template-template interactions along the entire template sequence. This study provided evidence that nonspecific template interactions and extension by DNA polymerase triggered the amplification of background in EXPAR. The addition of single stranded binding protein to bind nonspecifically with the EXPAR template decreased background by 3 orders of magnitude.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».