Coalescence and linkage disequilibrium in facultatively sexual diploids
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Under neutrality, linkage disequilibrium (LD) results from physically linked sites having non-independent coalescent histories. In obligately sexual organisms, meiotic recombination is the dominant force separating linked variants from one another, and thus in determining the decay of LD with physical distance. In facultatively sexual diploid organisms that principally reproduce clonally, mechanisms of mitotic exchange are expected to become relatively more important in shaping LD. Here we outline mathematical and computational models of a facultative-sex coalescent process that includes meiotic and mitotic recombination, via both crossovers and gene conversion, to determine how LD is affected with facultative sex. We demonstrate that the degree to which LD is broken down by meiotic recombination simply scales with the probability of sex if it is sufficiently high (much greater than 1/ N for N the population size). However, with very rare sex (occurring with frequency on the order of 1/ N ), mitotic gene conversion plays a particularly important and complicated role because it both breaks down associations between sites and removes within-individual diversity. Strong population structure under rare sex leads to lower average LD values than in panmictic populations, due to the influence of low-frequency polymorphisms created by allelic sequence divergence acting in individual subpopulations. These analyses provide information on how to interpret observed LD patterns in facultative sexuals, and determine what genomic forces are likely to shape them.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».