Abstract 3862: Empowering research on ubiquitin and ubiquitin-like protein modification cascade using recombinant enzyme systems
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Protein modifications by the covalent attachment of ubiquitin (Ub) or ubiquitin-like proteins (UBLs) such as SUMO, ISG15 or NEDD8 participate in many critical cellular processes. These include cell-cycle regulation, DNA repair, endocytosis, mitophagy, oncogenesis, post-membrane-protein trafficking, antiviral pathways and most notably, proteasomal degradation of target proteins. Ubiquitination and modification by UBLs share a similar catalytic cascade which requires the sequential action of three classes of enzymes: E1 activating enzymes, E2 conjugating enzymes and E3 ligases. While Ub/UBLs are activated by E1 through an ATP-dependent thioester bond formation and transferred to E2 from E1, the exact mechanism of how they are subsequently attached to a protein substrate depends on the type of E3's containing characteristic catalytic domain - RING, HECT or RBR. It has been generally accepted that E3's mediate substrate specificity and E2's are the main determinants for selection of the lysine to construct the modifier chains, which thereby directly control the cellular fate of the substrate. Recent research has linked dysregulation of the Ub/UBLs modification system to numerous diseases including cancer, immunological disorders and neurodegeneration. The high substrate specificity provided by combinations of over 30 E2's and over 600 E3's in the human genome makes these enzymes emerging drug targets. In response to a growing market demand, SignalChem has developed an extensive array of products encompassing enzymes, Ub/UBL modifiers and substrates in the ubiquitination, SUMOylation, ISGylation and NEDDylation processes. With Promega's AMP-GloTM reagents and an optimized assay protocol, we have identified and validated a variety of functionally competent combinations of these enzyme components. With the established protocol, each enzyme in the catalytic cascade has been assessed for their specific activity towards generation of free AMP. In addition, inhibition profiles of all three enzymes have been obtained using the assay system, further demonstrating their potential to be used in high-throughput screening to identify potential lead compounds for drug discovery and development programs. Citation Format: Eric Yao, Shenshen Lai, Jun Yan. Empowering research on ubiquitin and ubiquitin-like protein modification cascade using recombinant enzyme systems [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018; 2018 Apr 14-18; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(13 Suppl):Abstract nr 3862.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».