Structure and function of a lignostilbene-α,β-dioxygenase orthologue from Pseudomonas brassicacearum
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Stilbene cleaving oxygenases (SCOs), also known as lignostilbene-α,β-dioxygenases (LSDs) mediate the oxidative cleavage of the olefinic double bonds of lignin-derived intermediate phenolic stilbenes, yielding small modified benzaldehyde compounds. SCOs represent one branch of the larger carotenoid cleavage oxygenases family. Here, we describe the structural and functional characterization of an SCO-like enzyme from the soil-born, bio-control agent Pseudomonas brassicacearum. METHODS: In vitro and in vivo assays relying on visual inspection, spectrophotometric quantification, as well as liquid-chormatographic and mass spectrometric characterization were applied for functional evaluation of the enzyme. X-ray crystallographic analyses and in silico modeling were applied for structural investigations. RESULTS: In vitro assays demonstrated preferential cleavage of resveratrol, while in vivo analyses detected putative cleavage of the straight chain carotenoid, lycopene. A high-resolution structure containing the seven-bladed β-propeller fold and conserved 4-His-Fe unit at the catalytic site, was obtained. Comparative structural alignments, as well as in silico modelling and docking, highlight potential molecular factors contributing to both the primary in vitro activity against resveratrol, as well as the putative subsidiary activities against carotenoids in vivo, for future validation. CONCLUSIONS: The findings reported here provide validation of the SCO structure, and highlight enigmatic points with respect to the potential effect of the enzyme's molecular environment on substrate specificities for future investigation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».