A New Phylogenetic Framework for the Animal-Adapted Mycobacterium tuberculosis Complex
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Notice bibliographique
Résumé
Tuberculosis (TB) affects humans and other animals and is caused by bacteria from the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Previous studies have shown that there are at least nine members of the MTBC infecting animals other than humans; these have also been referred to as ecotypes. However, the ecology and the evolution of these animal-adapted MTBC ecotypes are poorly understood. Here we screened 12,886 publicly available MTBC genomes and newly sequenced 17 animal-adapted MTBC strains, gathering a total of 529 genomes of animal-adapted MTBC strains. Phylogenomic and comparative analyses confirm that the animal-adapted MTBC members are paraphyletic with some members more closely related to the human-adapted Mycobacterium africanum Lineage 6 than to other animal-adapted strains. Furthermore, we identified four main animal-adapted MTBC clades that might correspond to four main host shifts; two of these clades are proposed to reflect independent cattle domestication events. Contrary to what would be expected from an obligate pathogen, MTBC nucleotide diversity was not positively correlated with host phylogenetic distances, suggesting that host tropism in the animal-adapted MTBC seems to be driven more by contact rates and demographic aspects of the host population rather than host relatedness. By combining phylogenomics with ecological data, we propose an evolutionary scenario in which the ancestor of Lineage 6 and all animal-adapted MTBC ecotypes was a generalist pathogen that subsequently adapted to different host species. This study provides a new phylogenetic framework to better understand the evolution of the different ecotypes of the MTBC and guide future work aimed at elucidating the molecular mechanisms underlying host specificity
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Prédiction distillée sur la base complète
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle